Nakon što je u sezoni 2012/13. osvojeno osmo prvenstvo u nizu, od Dinama se očekivao nastavak niza i u sezoni 2013/14. Momčad se pojačala s nekoliko imena - stigli su alžirski reprezentativac Soudani, čileansko krilo Junior Fernandes te argentinski vratar Pablo Migliore. Migliore je nakon samo četiri utakmice napustio klub, a njegovo mjesto zauzeo je Oliver Zelenika, a kasnije i Poljak Gregorz Sandomierski. Prve dvije utakmice igrale su se na Maksimiru, a upisane su pobjede protiv Osijeka i Zadra. U trećem kolu uslijedilo je vrlo neugodno gostovanja na Kantridi. Utakmica je završila bez pogodaka. U 5. kolu je Hrvatski dragovoljac šokirao Modre i uzeo bod u Kranjčevićevoj. Prvi poraz upisan je u 9. kolu kada je Hajduk bio bolji s 2-0, a na klupi Dinama sjedio je Branko Ivanković. Početkom listopada pogotkom Soudanija Dinamo je došao do pobjede nad Rijekom, ali već u idućem kolu Split uzima sva tri boda. Od 14. kola do 27. kola Dinamo je neporažen, a upravo u tom 27. kolu pobijedili smo Hajduk na Poljudu rezultatom 0-2. Strijelci su bili Duje Čop (iz jedanaesterca) i Alen Halilović. Dinamo je do tog trenutka stekao prednost nad Rijekom i Hajdukom i praktički osigurao novi naslov. Ipak, to se matematički potvrdilo 22. travnja kada smo slavili nad Harvatskim dragovoljcem u 32. kolu. Prvenstvo je zaključeno pobjedom nad Hajdukom 1-0, a strijelac je bio Jerko Leko.
Pozicija
Klub
Utakmice
Pobjede
Neriješeni
Porazi
Zabijeni
Primljeni
Bodovi
1
Dinamo Zagreb
36
26
6
4
83
26
84
2
Rijeka
36
21
10
5
72
35
73
3
Hajduk Split
36
17
11
8
58
44
62
4
RNK Split
36
14
10
12
41
41
52
5
Lokomotiva
36
15
7
14
57
59
52
6
Istra 1961
36
12
8
16
45
56
44
7
Zadar
36
10
5
21
35
67
35
8
Osijek
36
8
9
19
38
62
33
9
Slaven Belupo
36
7
11
18
46
65
32
10
Hrv. Dragovoljac
36
7
9
20
41
61
30
Hrvatski kup
Ni u sezoni 2013/14. Dinamo nije uspio do duple krune. U šesnaestini finala uvjerljivo je nadigrano Suhopolje rezultatom 0-6, a gol manje primila je Zagora Unešić krajem listopada. Podsjetim, u sezoni 2008/09. Zagora i Dinamo su se sreli u četvrtini finala Kupa. Ovog puta u četvrtfinalu ždrijeb je spojio Hajduk i Dinamo. Prva utakmica odigrala se 4. prosinca i ostat će upamćena kao najveća poslijeratna Dinamova pobjeda nad splitskim rivalima. Pet golova u mreži Kalinića razveselilo je Dinamove navijače, a strijelci su bili Čop (2), Šimunić, Fernandes i Halilović. U polufinalu Slaven Belupo nije mogao parirati Dinamu i upisane su dvije pobjede. Uslijedilo je veliko finale protiv Rijeke. U prvoj utakmici Rijeka slavi s 0-1 i stvara prednost uoči uzvrata na Kantridi. Šest dana kasnije Riječani su opet bolji (2-0) i zasluženo osvajaju Kup.
Europska natjecanja
U sezoni 2013/14. krenuo je lov na treću sezonu u Ligi prvaka. Drugo pretkolo donijelo je dvoboje s luksemburškim prvakom CS Fola Esch. Već u Luksemburgu bilo je jasno da neće doći do iznenađenja - završilo je 0-5. U uzvratu je Kramarić pogotkom s bijele točke odlučio susret. Ždrijeb je odlučio da će se u trećem pretkolu Dinamo susresti s moldavskim Sheriffom - treći put u nekoliko godina. Krajem srpnja odigrana je prva utakmica, a Dinamo unatoč pritisku i velikom broju prilika nije uspio doći do pogotka. A onda se ukazao Ante Rukavina i pred sam kraj utakmice glavom poslao loptu u mrežu i razveselio Dinamove navijače. U uzvratu je bilo lakše i pogocima Fernandesa, Soudanija i Čopa upisana je uvjerljiva pobjeda (0-3). U zadnjem pretkolu kuglice su spojile Dinamo i Austriju Beč. Dinamo je bio favorit, ali Austrijanci su u prvoj utakmici na Maksimiru došli do velike 0-2 pobjede i doveli Modre na rub ispadanja. U uzvratu su domaćini poveli vrlo rano, ali pogocima Brozovića i Fernandesa Dinamo je uspio preokrenuti rezultat. Nedostajao je još jedan gol do potpunog preokreta. To se i dogodilo kada je FatosBeqiraj maestralno glavom pogodio u suprotni kut i povisio vodstvo na 1-3. Ipak, Dinamo nije izdržao - nekoliko minuta prije kraja Austrija smanjuje na konačnih 2-3.
Dinamo je put nastavio u skupinama Europske lige, a protivnici su bili bugarski prvak Ludogorets te ukrajinski Chornomorets i nizozemski PSV. Na klupu je stigao Branko Ivanković, nakon što je nakon prve utakmice protiv Austrije klub napustio KrunoslavJurčić. U prve dvije utakmice Ivanković upisuje poraze od Chornomoretsa i Ludogoretsa te i on ubrzo postaje bivši. U trećem kolu Dinamo s novim trenerom Zoranom Mamićem osvaja bod protiv PSV-a, a kasnije će se pokazati i jedini bod u skupini.