Sezona je počela superkupom protiv Rijeke. Dinamo je slavio s visokih 4-1 i tako osvojio prvi trofej u sezoni. Kasnije su stigla još dva.
Dinamo je nakon devet godina čekanja osvojio duplu krunu. U ligi je izgubio samo jednom i to protiv Šibenika u gostima. Nakon toga je upisao čak 20 pobjeda za redom. Od mogućih 99 bodova, Dinamo je osvojio čak 92 boda uz gol razliku 84-22. Liga je zaključena derbijem 19. svibnja na Maksimiru. Dinamo je slavio s 3-0 uz hattrick Eduarda. To je prvi put da je netko postigao hattrick od osamostaljenja. U prošlosti je to pošlo za rukom u plavom dresu i Slavenu Zambati i Aleksandru Benki. Eduardo je ove sezone oborio rekord Gorana Vlaovića s najviše postignutih golova u sezoni. Eduardo je zabio 34 puta, a Vlaović je u sezoni 1993/94. zabio 29 puta. Osim toga, Eduardo je postigao još 5 golova u Kupu, 5 u europskim natjecanjima i 2 u Superkupu. Ovim zbrajanjem golova u službenim utakmicama dolazimo do čak 46 zabijenih golova.
Kup je Dinamo osvojio pobjedom u finalu protiv Slaven Belupa. Nakon 1-0 na Maksimiru, u uzvratu su domaćini vodili 1-0 do pred kraj utakmice, ali onda Gordan Schildenfeld rješava sve dvojbe pogotkom nekoliko minuta prije kraja. U polufinalu je Dinamo izbacio Hajduk.
Što se tiče Europe, Dinamo nije ušao u skupine Lige Prvaka, a ni u skupine Kupa UEFA. U kvalifikacijama Lige Prvaka Dinamo je najprije izbacio Ekranas dvjema pobjedama. U 3. pretkolu protivnik je bio londonski Arsenal. Pred punim Maksimirom na poluvremenu je rezultat glasio 0-0, no onda nakon loših reakcija vratara Turine i dobrih poteza gostiju, Englezi dolaze do 3-0 pobjede. Uzvrat se igrao na tek otvorenom Emirates stadionu. Prvi gol u službenoj utakmici na tom prekrasnom novom zdanju postigao je Eduardo, no pogocima Ljungberga i Flaminija Arsenal dolazi do pobjede. Mi smo nastavili svoj europski put u Kupu UEFA u kojem nas je čekao francuski Auxerre. Francuzi su bili bolji u obje utakmice i tako izbacili Dinamo iz Europe.